Его голливудская карьера началась в 1909 году лаборантом на киностудии Essanay Film Manufacturing Company в Чикаго.

В 1916 году во время эпохи немого кино, он зарекомендовал себя и достиг больших успехов в сотрудничестве с Рудольфом Валентино, при создании фильма «Четыре всадника Апокалипсиса» (1921).

Высоко ценится работа Зейтца с режиссёром Билли Уайлдером, («Двойная страховка», «Потерянный уикенд» и «Бульвар Сансет»), за которую он был трижды номинирован на премию «Оскар». Всего за свою карьеру он получил семь номинаций на «Оскар» за лучшую операторскую работу.

В 1929 году Джон Ф. занимал должность президента Американского общества кинематографистов в течение года, и был его членом с 1923. Зейтц вышел в отставку в 1960 году и посвятил себя изобретениям в области фотографии, за которые получил 18 патентов.