Школьные годы Кирилла прошли во Львове, куда семья переехала, когда ему ещё не было семи лет. Его мать — Галина Семёновна, учительница русского языка и литературы, пишет стихи и прозу. В 1980-е годы работала директором Львовского дворца пионеров, где юный Кирилл посещал разнообразные кружки, выступал на концертах с чтением стихов. Когда Кириллу было 12 лет, его родители развелись. После развода мать одна поднимала троих детей — Кирилла и двух его старших сестёр. В начале 1990-х годов семья вернулась в Красноярский край. В настоящее время мама и сёстры живут в Ашкелоне (Израиль).

Актёром Кирилл мечтал стать с детства. Одна из первых ролей в жизни — роль городничего в школьном спектакле.

В 1993 году поступил на театральный факультет Красноярского государственного института искусств, где проучился один год, после чего перевёлся в Москву на второй курс ГИТИСа.

В 1997 году, сорвав генеральную репетицию дипломного спектакля, был отчислен с четвёртого курса РАТИ (ГИТИС, мастерская А. Гончарова).

С 1997 по 1999 годы служил в Московском академическом театре имени Владимира Маяковского, затем в Московском драматическом театре им. К. С. Станиславского в группе режиссёра Владимира Мирзоева.

С 1999 по 2001 годы по приглашению актёра Леонида Каневского Кирилл Сафонов работал в израильском театре «Гешер». В Тель-Авив он уехал с женой и дочерью. К тому времени там уже жили его мама и сёстры с семьями. За два месяца Кирилл выучил иврит, что до сих пор считает одним из своих больших достижений.

Актёр также пишет стихи, увлекается пением, живописью (десять лет выставлялся на вернисажах) и фотографией, любит активный отдых.

Кирилл Сафонов помимо российского гражданства имеет также гражданство Государства Израиль. В настоящее время актёр проживает как в Израиле, так и в Москве. Снимается в российском и израильском кинематографе. В последние годы востребован также как и театральный актёр.

Первая жена — Елена, к актёрской профессии отношения не имеет. Брак продлился с 1991 по 2001 годы. После развода бывшие супруги сохранили дружеские отношения.
Дочь — Анастасия (род. 1995), живёт с мамой в Израиле.
Вторая жена — Александра Савельева, российская певица, солистка поп-группы «Фабрика». Кирилл и Александра поженились 17 апреля 2010 года в усадьбе Царицыно, в Екатерининском зале Оперного дома.