Настоящее имя — Мураками Рюноскэ. Его романы исследуют человеческую природу через темы разочарования, употребления наркотиков, сюрреализма, убийств и войн, действие которых разворачивается на тёмном фоне Японии. Его самые известные романы — «Все оттенки голубого», «Кинопроба», «Дети из камеры хранения» и «Мисо-суп».

Мураками Рюноскэ родился 19 февраля 1952 года в семье художника в городе Сасэбо (Нагасаки, Япония). Был назван в честь героя повести Каидзан Накадзато (1885—1944) «Перевал Великого Будды». Будучи студентом высшей школы, организовал рок-группу, где был барабанщиком. После распада группы занялся регби, но через некоторое время понял, что это ему противно. Вскоре стал писать для школьной газеты.

До восемнадцати лет Мураками Рю рос в портовом городе, где располагалась американская военно-морская база, поэтому он испытал на себе заметное влияние западной культуры. В юные годы неоднократно принимал участие в акциях организации новых левых, Национальной федерации студенческого самоуправления (Дзенгакурен), направленных против американского военного присутствия в стране. На третьем году обучения в старшей школе Мураками и его одноклассники забаррикадировали крышу школы, после чего Рюноскэ находился под домашним арестом в течение трёх месяцев. Всё это время находился под влиянием субкультуры хиппи. После окончания школы организовывает ещё одну рок-группу. Именно в эти годы начал формироваться его литературный стиль.

В 1970 году он переехал в токийский пригород Фусса. Учился в художественном университете города Мусасино, что неподалёку от Токио.

В 1976 году дебютировал с романом «Все оттенки голубого», в котором описывается повседневность подростков-маргиналов, полная секса и наркотиков. Роман стал сенсацией, разойдясь тиражом более миллиона экземпляров, а молодой автор, ещё не покинувший студенческую скамью, стал лауреатом литературной премии Акутагавы. После выхода романа критики провозгласили Мураками основателем нового направления в японской литературе, хотя в то же время он не избежал обвинений в декадентстве.

В дальнейшем он создал ряд произведений, которые отличали новаторский подход к языку, обильное использование сленга, глубокое проникновение в психологию героев его романов и достаточно неожиданные сюжетные повороты. Критическое отображение окружающей реальности, интерес к её темным сторонам характерен для всего творчества писателя — будь то история юной проститутки в «Топазе» или похождения американского серийного убийцы в предновогоднем Токио в триллере «Мисо-Суп», в которых попутно вскрываются проблемы современного японского общества.

Также большую известность получили его романы «69», «Дети из камеры хранения», «Экстаз», «Меланхолия» и «Танатос», последние три составили трилогию «Монологи о наслаждении, апатии и смерти».

Помимо литературного творчества, Мураками на протяжении многих лет занимается кинорежиссурой, снимая киноверсии собственных произведений. Его первым фильмом стал «Все оттенки голубого», вышедший в 1979 году.

В последующие годы он снял ещё несколько фильмов, среди которых наиболее интересными были экранизации романов «Топаз» (также известен как «Токийский декаданс», 1992), представленный на кинофестивале в Торонто и «Киоко» (2000). Он также иногда работает как сценарист — одна из его новелл легла в основу сценария фильма режиссёра Миикэ Такаси «Кинопроба» (1999). Впрочем, кинематографическая деятельность Мураками значительно менее известна, нежели литературная и главным образом он известен как автор романов, чья популярность перешагнула пределы Японии.

В 2005 году за роман «Вперёд с полуострова!» Мураками Рю был награждён премией Номы.