Джохар формально вступил в киноиндустрии как актёр, сыграв эпизодическую роль в фильме «Непохищенная невеста». Он также был ассистентом режиссёра этого фильма и помогал режиссёру Адитья Чопра в написании сценария. Кроме того, он выбирал костюмы для Шахрукх Кхана и продолжил делать фильмы для него «Сумасшедшее сердце» (1997), «Двойник» (1998), «Влюблённые» (2000), «Я рядом с тобой!» (2004), «Когда одной жизни мало» (2007).

Джохар дебютировал в качестве режиссёра в фильме «Всё в жизни бывает» в 1998 году, для которого сам написал сценарий. В фильме снимались Шахрукх Кхан, Каджол и Рани Мукхерджи. Картина была хорошо принята и критиками, и публикой, стала самым кассовым фильмом года в Индии и за рубежом, и была объявлена «блокбастером на все времена». Фильм также был лауреатом Национальной кинопремии Индии, и восьми категорий Filmfare Awards, в том числе «за лучший фильм», «за лучшую режиссуру», и четыре актёра получили награду за «лучший актёр», как за главные роли, так и за второстепенные роли. Несмотря на свой молодой возраст, Джохар имел влияние в индийском кинематографе, и он цитировал Раджа Капура, Яша Чопру и Сураджа Барджатья, как своих кумиров.

Вторым режиссёрским проектом Джохара стал фильм «И в печали, и в радости», выпущенный в 2001 году. Благодаря актёрскому ансамблю, который включал Шахрукх Кхана, Каджол, Амитабха Баччана, Джаю Баччан, Карину Капур и Ритика Рошана, фильм имел большой кассовый успех и стал вторым по кассовым сборам фильмом года и одним из крупнейших фильмов Болливуда на зарубежном рынке, собрав более 1 млрд. индийских рупий (INR). Фильм также награждён многими кинематографическими наградами и выиграл в пяти категориях Filmfare Awards.

В мае 2005 года, после четырёхлетнего перерыва, Джохар начал работать над своим третьим фильмом «Никогда не говори „Прощай“» в качестве режиссёра, он также написал и сценарий фильма. В актёрский ансамбль вошли Шахрукх Кхан, Рани Мукхерджи, Амитабх и Абхишек Баччаны, Прити Зинта и Кирон Кхер. Фильм рассказывает о двух людях из Нью-Йорка, несчастных в браке, которые заводят роман на стороне. Фильм стал самым кассовым фильмом года в Индии за рубежом, заработав более 1.13 млрд рупий во всем мире.

В ноябре 2009 года Джохар закончил съёмки фильма «Меня зовут Кхан», в котором снимались Шахрукх Кхан и Каджол, воссоединившиеся после семи лет. Премьера фильма состоялась 10 февраля 2010 в Абу-Даби, ОАЭ. В том же месяце фильм был показан в рамках 60-м Берлинского международного кинофестиваля. Критики отметили, что Джохар оторвался от типичного стиля Болливудских фильмов — дизайн одежды, музыкальные и танцевальные сцены. Режиссёр сам подтвердил это, сказав «все одиннадцать лет я не чувствовал себя опытным режиссёром. Фильм „Меня зовут Кхан“ является противоположностью, тех фильмов, которые я снимал раньше». Были и дискуссии о содержании фильма, который был весьма «серьёзным» и «разумным», без сатирической подоплёки. Говоря о фильме, он сказал в интервью с Bollywood Hungama: «„Меня зовут Кхан“ был необычным Болливудским фильмом, если это имеет на всех, и не имеет тех элементов предпосылки квинтэссенцию, что относится к любому фильму Болливуда (…) Все, что могу сказать, фильм собирается открыть окна и двери многим людям, которые хотят рассказать свою историю, но слишком застенчивы, чтобы положить свою историю в кинопленку». После релиза, фильм был встречен неоднозначными отзывами и большими кассовыми сборами; «Меня зовут Кхан» стал самым кассовым фильмом за рубежом в то время.

После смерти отца, Каран стал главным продюсером компании Dharma Productions. Джохар написал сценарий к фильму Никхила Адвани «Наступит завтра или нет» и стал его продюсером. Съёмки фильма проходили в Нью-Йорке, где главные роли играли Шахрукх Кхан, Прити Зинта, Джая Баччан и Саиф Али Кхан. Фильм был благосклонно принят критиками, и имел успех в Индии и стал самым кассовым фильмом года за рубежом. В 2005 году Каран стал продюсером фильма «Глаз тигра» (Kaal), режиссёром которого был Сохам Шах, бывший ассистентом Джохара в фильме «И в печали, и в радости». В 2009 году Каран продюсировал два фильма, первый — «Проснись, Сид» Аяна Мукхерджи, а второй — «Жертва». Джохар также отвечал за официальный хинди-язычный ремейк фильма «Мачеха», названный «Я люблю тебя, мамочка!». Съёмки фильма проходили в Мумбаи и Сиднее, с участием актёров Каджол, Карины Капур и Арджуна Рампала. Когда Джохар впервые решил адаптировать фильм для индийской аудитории, он первоначально намеревался купить права на фильм, но в конце концов решили совместно производить его с Sony Pictures. В том же году, он был со-продюсером фильма «Я ненавижу истории любви», в котором снимались Имран Кхан и Сонам Капур.

Джохар является ведущим телевизионной передачи «Кофе с Караном», транслируемой на телеканале Star World India. В передаче Каран берет интервью у известных личностей Болливуда и Индии. Первый сезон ток-шоу начался в 2004 году, второй в 2007, третий в 2010.