Образ Стоковского в истории музыки очень противоречив и, как правило, связывается с «популяризацией» искусства и излишним «шоуменством» на выступлениях, но это было продиктовано лишь его желанием привлечь в концертные залы более широкую публику. Стремясь сделать академическую музыку более доступной для американской публики, Стоковский создал ряд собственных редакций и оркестровок некоторых известных произведений (в частности, Токкаты и фуги d-moll Баха), зачастую в корне меняя авторскую динамику, добавляя дополнительные ударные инструменты и даже вырезая «неинтересные» такты, за что на протяжении всей карьеры подвергался беспощадным нападкам критиков. Дирижёр интересовался самыми разнообразными направлениями музыки, считая её «универсальным языком человечества», о чём он пишет в книге Music for All of Us (1943; в русском переводе «Музыка для всех», 1963). Визитной карточкой Филадельфийского оркестра под его управлением стало особое «филадельфийское звучание», сформировавшееся благодаря тому, что он предоставил музыкантам струнной группы оркестра свободу в вопросах ведения смычков, а состав духовых инструментов удвоил. Ему также принадлежит идея новой рассадки музыкантов оркестра: с размещением всех скрипок (как первых, так и вторых) слева от дирижёра, а виолончелей — справа. Такая рассадка используется сейчас в большинстве оркестров мира.

Значителен вклад Стоковского в историю современной музыки. Под его управлением впервые прозвучали более сотни новых сочинений композиторов-современников, в том числе мировые премьеры сочинений Рахманинова — Третьей симфонии (1936), Четвёртого фортепианного концерта (1927) и Рапсодии на тему Паганини (1934), Ч.Айвза (Четвёртая симфония, полная версия, 1965), А.Шёнберга (Скрипичный концерт, 1940; Фортепианный концерт, 1944).

Уделяя новым работам огромное внимание, Стоковский выделил для их исполнения отдельное время по средам, на тот случай, если их нельзя было исполнять в вечернем концерте. Именно Стоковский дал американские премьеры Восьмой симфонии Малера, «Весны священной» Стравинского, оперы «Воццек» Берга и монодрамы «Лунный Пьеро» Шёнберга.

Стоковский оставил огромное количество записей, самые ранние из которых датированы октябрём 1917 года (два Венгерских танца Брамса). Множество сочинений классического репертуара были записаны им впервые в США.