Сын футбольного вратаря и тренера Фелиша Моуринью. После не очень успешной карьеры полузащитника в португальских лигах перешёл на тренерскую работу, сначала в качестве переводчика другого тренера — англичанина Бобби Робсона, работавшего в Португалии в качестве тренера клубов «Спортинге» и «Порту», а затем добился успеха в качестве помощника в «Барселоне» как при Робсоне, так и при его преемнике Луи ван Гале. После впечатляющей работы в «Бенфике» и «Униан Лейрии» вернулся в «Порту» в качестве тренера в 2002 году, дважды выиграв чемпионат, Кубок Португалии, Кубок УЕФА и Лигу чемпионов УЕФА, что стало первым титулом «Порту» в еврокубках с 1987 года. Этот успех обеспечил ему переезд в Англию в 2004 году в «Челси», где он выиграл два титула Премьер-лиги, Кубок Англии и два Кубка лиги за три сезона работы в клубе, а в 2007 году покинул клуб на фоне сообщений о разногласиях с владельцем клуба Романом Абрамовичем.

В 2008 году перешёл в итальянский клуб «Интернационале», где дважды выиграл Серию А, включая европейский требл — Серию А, Кубок Италии и Лигу чемпионов в 2010 году, что стало первым для итальянского клуба. Это сделало его одним из пяти тренеров, выигравших Кубок Европы с двумя клубами, а позднее в том же году принесло ему первое звание лучшего тренера года по версии ФИФА. Затем перешёл в мадридский «Реал», где в сезоне 2011/12 выиграл Ла Лигу с рекордным количеством очков, став пятым тренером, выигравшим титулы чемпионов в четырёх странах. Также выиграл Кубок Испании и Суперкубок Испании.

В 2013 году покинул «Реал Мадрид» и вернулся в «Челси», где выиграл ещё один титул чемпиона и Кубок лиги, но был уволен в 2015 году после неудачного выступления. В 2016 году был назначен в «Манчестер Юнайтед» и в свой первый сезон выиграл Лигу Европы УЕФА, Кубок лиги и Суперкубок Англии. В 2018 году, после неудачного выступления «Манчестер Юнайтед» в чемпионате, он был уволен. В 2019 году он стал тренером «Тоттенхэм Хотспур», а в 2021 году был уволен, впервые с 2002 года покинув клуб, не выиграв ни одного трофея. Вскоре был принят на работу в «Рому», с которой в первом же сезоне стал обладателем впервые разыгранной Лиги конференций УЕФА. Победив в этом турнире, стал первым в истории тренером, кому удалось взять еврокубки с четырьмя разными клубами.

В 2015 году Португальская футбольная федерация признала его лучшим тренером века, и он стал первым тренером, потратившим на трансферы более 1 миллиарда фунтов стерлингов. Благодаря своим тактическим знаниям, харизматичной и противоречивой личности, а также репутации человека, для которого результаты важнее привлекательного футбола, он вызвал сравнения, как со стороны поклонников, так и критиков, с аргентинским тренером Эленио Эррерой. Кавалер ордена Инфанта дона Энрики. В начале 2017 года УЕФА включила его в список десяти величайших тренеров европейского футбола с момента основания организации в 1954 году.