Джо Флениган родился в Лос-Анджелесе 5 января 1967 года. В возрасте шести лет он с родителями переезжает на ранчо неподалеку от Рино (Невада). Его родители, Джон и Нэнси Флениган, и сейчас живут там. До четырнадцати лет он учился в школе-интернате в Охай (Калифорния). Здесь Джо сыграл Стэнли Ковальского в школьной постановке «Трамвая «Желание» Теннеси Уильямса. Обучаясь в Колорадском университете, он получил степень по истории, и по программе обмена ездил на год в Париж. После окончания колледжа Флениган успел перепробовать множество профессий - от банковского дела до политики. Но нигде не чувствовал себя комфортно. После того как его уволили из журнала «Интервью», он стал безработным и переехал в Нью-Йорк. Его сосед, актер, убедил Джо попробовать себя в этой области. Актерскому мастерству он обучался в нью-йоркском окружном театре. Поначалу он работал на радио. В 1994 году он впервые снимается в минисериале на NBC «Семейный альбом Даниэлы Стил». Он постоянно появляется в «Сестрах» и «Первом понедельнике».