Дочь крупного промышленника, младший ребёнок в семье, окончила славянское отделение Парижского университета и Высшую национальную консерваторию драматического искусства. Дебют в кино состоялся в фильме Нины Компанеец «Фаустина и жаркое лето» («Faustine et le bel été», 1972), в том же году сыграла сестру главной героини в фильме Клода Соте «Сезар и Розали» («César et Rosalie», 1972).

В начале 1970-х Юппер переиграла много ролей девушек-подростков, в том числе в картинах «Пивная на развилке дорог» («Le Bar de la fourche», 1972) и «Вальсирующие» («Les Valseuses», 1974) Бертрана Блие. Важным этапом её актёрской биографии стал снятый в том же году остросоциальный фильм Ива Буассе «Дюпон Лажуа» (в советском прокате «Это случилось в праздник»).

После работы в «Сезар и Розали» Юппер начинает брать уроки актёрского мастерства, и в следующей картине, «Алоиза» («Aloise», 1975) Лилианы де Кермадек, выступила как профессиональная актриса. В том же году сыграла роль девушки, заболевшей раком, в фильме «Доктор Франсуаза Гайан» («Docteur Françoise Gailland», 1975).

Первая большая работа Юппер — в фильме Бертрана Тавернье «Судья и убийца» («Le Juge et l’assassin», 1975), где её партнерами стали маститые французские актёры Филипп Нуаре и Мишель Галабрю. Её героиня — простолюдинка, возлюбленная следователя Руссо, активная участница профсоюзного движения во Франции рубежа 19-20 вв. Как и многие её персонажи, героиня Юппер олицетворяла хрупкую женственность и подлинное мужское бесстрашие.

В конце 1970-х Юппер познакомилась с Клодом Шабролем, который пригласил её в фильм «Виолетта Нозьер» («Violette Nozière», 1978) сыграть реальный персонаж — женщину, отравившую в 1930-х годах собственного отца. Юппер работала с Шабролем ещё на четырёх картинах: «Женское дело» («Une affaire de femmes», 1988; приз за лучшую женскую роль на Венецианском МКФ), «Мадам Бовари» («Madame Bovary», 1991; премия за лучшую женскую роль на Московском МКФ), «Церемония» («La Cérémonie», 1995; премия «Сезар» и приз в Венеции за лучшую женскую роль) и «Ставки сделаны» («Rien ne va plus», 1997). Экранизация романа Г.Флобера «Госпожа Бовари» была задумана Шабролем специально для Изабель Юппер.

Юппер — актриса противоречий, её героини восхищают и ужасают. Рай и ад сходятся в этих загадочных, замкнутых, роковых женщинах. Такова её Альфонсина Плесси в фильме «Истинная история дамы с камелиями» («La dame aux camélias», 1981) Мауро Болоньини по роману А.Дюма-сына. В этом фильме никто из мужчин не может понять, почему маленькая и невзрачная девушка притягивает их сердца и состояния, как магнит, в чём её секрет. В том же году Юппер сыграла одну из самых удачных ролей в венгерском фильме Марты Месарош «Наследница» («The Heiresses», 1980, в советском прокате — «Вторая жена»).
Юппер работает в основном с режиссёрами французского и европейского «авторского кино» (Вернер Шрётер), авангардными театральными режиссёрами (Роберт Уилсон) и почти не появляется в фильмах развлекательных массовых жанров. Она снялась у Тавернье в «Избалованных детях» («Des enfants gеtеs», 1977) и «Безупречной репутации» («Coup de torchon», 1981); играла у Блие в «Вальсирующих» («Les Valseuses», 1974) и «Женщине моего лучшего друга» («La Femme de mon pote», 1983); работала с Жаном-Люком Годаром в фильмах «Спасайся кто может» («Sauve qui peut», 1979) и «Страсть» («Passion», 1982); сыграла Энн Бронте в фильме Андре Тешине «Сёстры Бронте» («Les Soeurs Brontе», 1979), главную роль в «Лулу» («Loulou», 1980) Мориса Пиала.
В 1994 Юппер снялась в фильме иммигранта из России Игоря Минаева «Наводнение» («Navodneniye» — «L’Inondation») по повести Евгения Замятина. Актриса выступила в роли женщины, которая убивает более молодую и удачливую соперницу, чтобы спасти свою любовь.

В фильме Михаэля Ханеке «Пианистка» («La Pianiste», 2001) героиня Юппер — профессор Венской консерватории Эрика Кохут. Когда в её жизни появляется Вальтер Клеммер (Бенуа Мажимель), Эрика теряет над собой контроль. За исполнение главных ролей в «Пианистке» Юппер и Мажимель получили в Канне приз за лучшую женскую роль и приз за лучшую мужскую роль соответственно. Изабель Юппер живёт столь же замкнуто и сдержанно, как большинство её героинь. Она не любит давать интервью, умалчивает о личной жизни и не рассказывает о планах на будущее.

Награды:
1978 — Каннский кинофестиваль — Приз за лучшую женскую роль («Виолетта Нозьер»)
1978 — BAFTA — Лучший новичок («Кружевница»)
1980 — «Давид» — Лучшая зарубежная актриса («Кружевница»)
1988 — Венецианский кинофестиваль — Кубок Вольпи за лучшую женскую роль («Женское дело»)
1989 — МКФ в Боготе — Лучшая актриса («Женское дело»)
1991 — Германская кинопремия "Malina", Московский МКФ — Лучшая актриса («Мадам Бовари»)
1995 — Венецианский кинофестиваль — Кубок Вольпи за лучшую женскую роль, совместно с Сандрин Боннер («Церемония»)
1996 — «Сезар», «Люмьер» — Лучшая актриса («Церемония»)
2001 — Каннский кинофестиваль, Европейская кинопремия — Лучшая актриса («Пианистка»)
2001 — Золотой Овен — Лучшая зарубежная актриса («Пианистка»)
2001 — «Люмьер», Монреальский МКФ — Лучшая актриса («Спасибо за шоколад»)
2002 — Берлинский МКФ, Европейская кинопремия — За выдающиеся артистические достижения (в составе актёрского ансамбля) («8 женщин»)
2001 — Золотой Овен — Лучшая зарубежная актриса («8 женщин»)
2003 — Специальная премия Давида ди Донателло
2005 — Специальный Лев (Венецианский кинофестиваль)
2006 — «Люмьер» — Лучшая актриса («Габриэль»)
2008 — Московский МКФ — Приз имени Константина Станиславского «Я верю» за выдающееся актёрское мастерство.

Интересные факты:
Актриса, на чьём счету самое большое кол-во фильмов с её участием, представленных в официальной программе Каннского кинофестиваля (16 фильмов).
Одна из четырёх актрис, взявших Приз за лучшую женскую роль Каннского кинофестиваля дважды (прочие актрисы — Ванесса Редгрейв, Хелен Миррен и Барбара Херши).