Гоггинс начал с небольших ролей в кино и в телевизионных проектах, в том числе сделанных для телевидения фильм «Убийство в Миссисипи», драма, основанная об истинном убийстве трёх гражданских трудящихся в 1964 году. Именно на «Убийстве в Миссисипи», встретился с актёром Рэй МакКиннон, с которым он подружился, а затем и профессионально сотрудничал. На маленьком экране, он несколько раз появлялся в качестве различных персонажей на основе драмы «В разгар ночи». Когда ему было 19 лет, семья переехала в Лос-Анджелес, чтобы продолжить актёрскую карьеру. Его переезд в Лос-Анджелес оказался плодотворным. Он снимался в драме «The Watcher», в длительной военной драме зала суда «JAG». После роли Джима Боба в комедийном фильме «Cherokee Kid», вернулся в качестве приглашенной звезды в эпизодах «Страж» и «NYPD Blue».

Между тем, в 2001 году он создал продюсерскую компанию со своим старым другом Рэйем МакКинноном и его женой актрисой Лизой Блаунт. Фильм «Бухгалтер» — это 38-минутная комедия о двух отчаянных братьях, которые нанимают таинственного человека, чтобы решить все свои беды. Фильм получил премию Американской киноакадемии за Лучший короткометражный фильм в 2001 году. Является самым известным актёром сериала «Щит» за его роль детектива Шейна. В 2010 году сыграл вспомогательную роль, как заключенный камеры смертников в фильме «Хищники». 14 июля 2011 года, был номинирован на премию Эмми как выдающийся актёр второго плана в драматическом сериале за роль Бойда Краудера в сериале «Правосудие». Сыграл Криса Мэникса в фильме Квентина Тарантино «Омерзительная восьмерка».

Уолтон Гоггинс является страстным фотографом. Он продемонстрировал некоторые свои работы в блоге, который он создал. В перерыве от работы он путешествовал по всей Индии. Он также является страстным путешественником — проводит большую часть своего свободного времени на дорогах по всему миру: Индия, Вьетнам, Камбоджа, Таиланд, Центральная Америка и Марокко. В политике принимал активное участие в «Демократической партии» на президентских выборах 2008 года, когда он выступал за сенатора Барака Обаму. Он также известен как поклонник работ бывшего президента Джимми Картера. Также активно участвует в различных некоммерческих организациях, которые варьируются от экологических до гуманитарных работ.

Лин, жена, страдавшая от депрессии, покончила с собой, спрыгнув с многоэтажного здания в Лос-Анджелесе 12 ноября 2004 года. Незадолго до этого она подала документы на развод. В августе 2011 года женился во второй раз на режиссёре Наде Коннерс. Незадолго до свадьбы у пары родился сын (февраль 2011), которого назвали Аугустом.