Действие разворачивается в нашем светлом будущем, где из-за движения литосферных плит и прочих тектонических процессов под водой оказались многие города и даже страны. Чтобы защищать новые прибрежные поселения и охранять моря, было сформировано специальное подразделение, получившее название «Синие Русалки» и состоящее почему-то исключительно из девушек. Означенных девушек обучают в специальных учебных заведениях, среди которых Морская старшая школа Ёкосуки. Именно туда поступают подруги детства Акено Миски и Моека Чина, мечтающие стать Синими Русалками.