Сюжет The Empire of Corpses переносит нас в Европу 19 века, где студента медика Джона Уотсона правительство отправляет в разведку в качестве секретного агента. Он живёт в мире, где распространилась новая технология, которая сделала значительный скачок для промышленности. Она создала Франкенштейнов - трупов с искусственной душой, которых можно использовать в качестве рабочих и солдат. Уотсона посылают в Афганистан в качестве военного медика, а также выяснить, что же там на самом деле происходит...