Действие происходит спустя 10 лет. Наноха, Фэйто и Хаятэ уже взрослые и работают в Бюро пространства-времени, причём Хаятэ каким-то образом оказалась старше по званию двух своих подруг. Она учредила специальное подразделение, «6-й оперативный отряд», кидо: рокка) и события разворачиваются вокруг деятельности этого отряда. В этом сериале уже нет единственного главного героя; в одной из серий (в 24-й) Наноха даже отсутствует в титрах. Центральными персонажами, помимо Нанохи, Фэйто и Хаятэ, являются четверо новых сотрудников «шестого отряда»: Субару Накадзима, Тиана Ланстер, Каро и Эрио. Их основными противниками здесь являются боевые киборги.