Таинственные гигантские существа, называемые «Рю но Шиппо» (Хвосты Дракона), появились по всему миру. Из-за опасности, которую они могли принести, взвод Кероро начал исследование Хвостов Дракона по всему миру, но Тамама внезапно исчезла во время исследования. Из-за этого весь взвод отправился на поиски Тамамы и оказался в Мон-Сен-Мишель, Франция, где встретил таинственную девушку по имени Сион, хранящую таинственный Рю но Хон (Книгу Дракона). Но мало что они знают о её тайнах и о всемирной катастрофе, которая уничтожит весь мир, каким они его знают...